Sau khi Tùy Dạng Đế bị sát hại vào năm 618, thoạt đầu Đỗ Phục Uy định tranh giành quyền lực tối thượng tại vùng hạ du Trường Giang với một vài thủ lĩnh nổi dậy khác là Ngô Đế Lý Tử Thông, Lương Vương Thẩm Pháp Hưng và Trần Lăng (陳稜). Tuy nhiên, sau khi Đỗ Phục Uy bị Lý Tử Thông đánh bại, ông và Đỗ Phục Uy đã khiển sứ thần đến xin quy phục triều Đường. Đường Cao Tổ phong cho Phụ Công Thạch làm Hoài Nam đạo hành đài thượng thư tả bộc dạ, phong tước Thư quốc công, phụ trợ cho Đỗ Phục Uy (nay được triều Đường ban họ Lý của hoàng tộc).

Cũng trong năm đó, Lý Phục Uy phái Phụ Công Thạch suất quân đánh Lý Tử Thông, cho Vương Hùng Đản (王雄誕) làm hữu tướng quân và Khám Lăng (闞稜) làm tả tướng quân. Phụ Công Thạch nhanh chóng chiếm được Đan Dương, và thoạt đầu tiếp tục chiến thắng trước Lý Tử Thông. Tuy nhiên, sau một cuộc phản công của Lý Tử Thông, Phụ Công Thạch đã quyết định dừng việc giao chiến. Vương Hùng Đản chống lại lệnh của Phụ Công Thạch khi tự tiến hành phản kích, kết quả đã đánh bại Lý Tử Thông, Lý Tử Thông chạy trốn và chiếm lấy lãnh thổ của Thẩm Pháp Hưng, lãnh thổ cũ của Lý Tử Thông thì rơi vào tay của Lý Phục Uy.